Når en akupunkturnål sættes og eventuelt drejes let, påvirkes huden og bindevævet mekanisk. Processen kaldes mechanotransduction: fysisk påvirkning omsættes til biologiske signaler. Laboratorie- og dyrestudier har blandt andet vist ændringer i bindevævsceller og lokale signalstoffer omkring nålen.

De lokale signaler kan aktivere følenerver og påvirke de netværk i rygmarv og hjerne, som er med til at bearbejde og regulere smerte. Hjernescanninger og dyrestudier peger også på mulige reaktioner i immunsystemet og det autonome nervesystem. Det er lovende mekanismeforskning, men endnu ikke én samlet eller fuldt afklaret forklaring på, hvordan akupunktur virker.

Den kliniske forskning viser et mere nuanceret billede. Store analyser af kroniske smerter finder typisk en større forskel mellem akupunktur og ingen behandling eller sædvanlig behandling end mellem rigtig akupunktur og simuleret akupunktur. Det tyder på, at både selve nålestimulationen, forventningerne og behandlingssituationen kan bidrage til resultatet.

I traditionel kinesisk medicin forklares behandlingen gennem qi og meridianer. Meridianerne er ikke fastslået som anatomiske strukturer. Der findes hypoteser om overlap med bindevævsbaner og områder med mange nervefibre, men det er for tidligt at sige, at de traditionelle meridiankort dermed er biologisk bevist.

Akupunktør er ikke en sundhedsfaglig autorisation. En akupunktør kan være RAB-registreret gennem en godkendt brancheforening. RAB kræver blandt andet en sundhedsmæssig uddannelse på mindst 660 timer, heraf mindst 250 timer i akupunktur, men registreringen er ikke en myndighedsgodkendelse af den enkelte behandling eller en garanti for effekt.

Akupunktur regnes generelt som en sikker behandling, når den udføres korrekt af en kvalificeret behandler med sterile engangsnåle. Kortvarig ømhed, en lille blødning, blå mærker eller svimmelhed kan forekomme. Alvorlige komplikationer som infektion er mulige ved forkert teknik. Fortæl altid om graviditet, sygdom og medicin, og brug ikke akupunktur til at udskyde nødvendig lægelig udredning.